El Museo Arqueológico Nacional fue fundado en 1867 por Isabel II, siguiendo la tendencia europea de crear grandes museos nacionales destinados a mostrar los testimonios del pasado propios de cada país. Con su creación se daba respuesta a la demanda de reunir en una única gran institución las colecciones de antigüedades, dispersas en diferentes establecimientos, con el fin de representar la historia de España, desde los orígenes a los tiempos más recientes, y ofrecer un panorama de las antiguas civilizaciones del resto del mundo.
La idea encontró impulso en el desarrollo que la arqueología alcanzó en esos momentos, así como en la toma de conciencia del riquísimo patrimonio cultural que, a causa de invasiones, guerras y desamortizaciones, se encontraba en peligro de desaparición y era necesario proteger.
El nuevo Museo debía reunir, conservar y estudiar estos bienes para ponerlos al servicio de los ciudadanos, contribuyendo de este modo a su formación e instrucción.
Desde su creación la sede prevista para el Museo Arqueológico Nacional fue la actual, el Palacio de Biblioteca y Museos Nacionales, un gran edificio de nueva planta concebido en 1860 y situado en el Prado de Recoletos, cuya construcción necesitó más de treinta años y tres proyectos arquitectónicos para su culminación en 1892.
De 1867 a 1893, el Museo ocupó provisionalmente el Casino de la Reina, antigua finca de recreo cercana a la actual glorieta de Embajadores de Madrid, que el Ayuntamiento de Madrid había regalado a la reina Isabel de Braganza en 1817.
Entre 2008 y 2014 se ha desarrollado la reforma del decimonónico edificio en el que se ubica el Museo Arqueológico Nacional y la reinstalación de su exposición permanente.
El edificio se ha acondicionado logrando que sus espacios se distribuyan más racionalmente, sean más accesibles, dispongan del equipamiento tecnológico necesario y respondan a los criterios de confortabilidad y seguridad requeridos para hacer cómoda y placentera la estancia en él.
La ampliación de las áreas públicas permite ofrecer a los visitantes una zona de acogida en condiciones idóneas, exponer nuevas colecciones, ofertar una amplia variedad de actividades simultáneamente y poner a su disposición nuevos servicios.
La renovación museográfica de las salas de exposición incorpora todos los medios técnicos y de comunicación que pueden favorecer la puesta en valor de las colecciones y la comprensión del discurso expositivo histórico propio del Museo, convenientemente actualizado y reinterpretado a la luz de los nuevos descubrimientos científicos.
Desde su creación hace más de ciento cincuenta años, el Museo Arqueológico Nacional ha variado en diferentes ocasiones la presentación al público de la riqueza y diversidad de sus fondos.
El incremento de las colecciones, los cambios de sede y las sucesivas reformas arquitectónicas, junto con las tendencias en la investigación arqueológica, los nuevos descubrimientos científicos, la propia redefinición del concepto de museo y las nuevas corrientes museográficas, han influido y definido los modelos de exposición permanente que el Museo ha ofrecido a lo largo del tiempo.
En cada montaje, el Museo se ha ido adaptando a las corrientes museográficas más novedosas de cada época de tal forma que la historia de sus exposiciones permanentes, constituye un importante capítulo de la evolución de la museografía en España.
La formación de la colección del Museo responde a diversas formas de ingreso y a las distintas naturalezas de los objetos que la componen marcadas en muchos casos por las circunstancias políticas, culturales y legislativas de cada época.
En el decreto de su creación en 1867 se estipuló la asignación de unos fondos fundacionales, los provenientes del Museo de Medallas y Antigüedades de la Biblioteca Nacional; los objetos arqueológicos y etnográficos del Museo de Ciencias Naturales y la colección de la Escuela Superior de Diplomática. Estos fondos se incrementaron rápidamente con numerosas donaciones y compras a particulares como las destacadas colecciones de Manuel de Góngora, José Ignacio Miró, José de Salamanca o Eduardo Toda.
De especial relevancia fue la actividad de las Comisiones Científicas integradas por personal del Museo que recorrieron diversos lugares tanto de España como del extranjero. Destacan las efectuadas en nuestro país por Paulino Savirón, Juan Sala, Juan Salas Dóriga, Juan de Dios de la Rada y Delgado y Juan de Malibrán, y el viaje que en 1871 realizó la fragata Arapiles a Oriente, del cual regresó con una importante colección de objetos arqueológicos de Sicilia, Atenas, Chipre, la antigua Troya o Constantinopla, entre otros lugares.
Desde el siglo XX, la institución fue cobrando mayor identidad como museo arqueológico. Parte de sus colecciones, como las de etnografía, arte oriental y americanas, se transfirieron a los museos nacionales de Antropología, Artes Decorativas y América, ganando así también más espacio para los numerosos ingresos procedentes de hallazgos y excavaciones arqueológicas, como las cerámicas campaniformes de Ciempozuelos (Madrid), la colección de Luis Siret con materiales de importantes yacimientos del sureste peninsular, o la del marqués de Cerralbo, resultado de sus excavaciones en yacimientos celtibéricos.
A través del intercambio de obras de arte con Francia en los años cuarenta ingresaron, tras haber estado expuestas en el Museo del Prado, las coronas de Guarrazar y la Dama de Elche. En los años setenta se incorporarían obras tan emblemáticas como la Dama de Baza, o el monumento de Pozo Moro, además de materiales de las excavaciones españolas realizadas en Egipto y Sudán fruto de los acuerdos con el gobierno egipcio con motivo de la construcción de la presa de Asuán.
Desde 1985, el ingreso por excavaciones se ha visto notablemente reducido por las competencias que han asumido las Comunidades Autónomas en esta materia, pero el Museo continúa la labor de enriquecimiento de sus fondos a través de adquisiciones por compra y donaciones.